Como amplamente divulgado, o IPEF mantém, na atualidade, oito programas cooperativos, através dos quais são atingidos os principais objetivos do Instituto quais sejam as ações de integração universidade-empresa e interações entre as mesmas. Dado o fato dos principais resultados e/ou conclusões não serem restritos às empresas participantes, geras e uma ampla difusão de informações científicas e técnicas que atingem o setor florestal brasileiro como um todo.

Os programas atuais são: Programa de Monitoramento e Modelagem de Bacias Hidrográficas (PROMAB), Programa Temático de Silvicultura e Manejo (PTSM), Programa de Biossólidos em Plantações Florestais (PROBIO), Programa de Produtividade Potencial de Eucalyptus no Brasil (BEEP), Programa de Produtividade Potencial do Pinus no Brasil (PPPIB), Programa Cooperativo Parcelas Gêmeas (PCPG), Programa Cooperativo Torre de Fluxo (EUC-FLUX) e Programa de Proteção Florestal (PROTEF).

O número de empresas participantes dentro de cada programa é variável, desde 7 no EUC-FLUX até 20 no PROTEF. Uma característica interessante dos programas é a presença de não-associadas desde que as mesmas sejam aprovadas pelas participantes e que tragam contribuições relevantes às pesquisas e desenvolvimento tecnológico dos temas. No momento, ao lado das 23 associadas contamos com as presenças de 9 não-associadas.

Pelo fato de uma mesma empresa participar de mais de um programa, o total de participações atingem 71 para as associadas e 13 para as não-associadas. 

Os andamentos dos trabalhos e principais conclusões são apresentados em reuniões técnicas, sendo a maioria “in company”. Durante o ano de 2006 foram realizados 12 eventos relacionados aos programas cooperativos aos quais ocorreram cerca de 500 participantes. Levantamento efetuado pelo Setor de Eventos do IPEF mostrou que 65% pertenciam às empresas associadas, 11% às não-associadas e os restantes 24% incluíam professores, profissionais de instituições públicas, alunos de graduação e pós-graduação e outros.

Durante o ano de 2006 foram lançados ou consolidados os seguintes programas: 

a) Programa de Produtividade Potencial de Pinus no Brasil: estuda os fatores silviculturais e ambientais que determinam o crescimento das plantações de Pinus, estimando
a produtividade potencial através do conhecimento da eficiência do uso do recurso hídrico, da disponibilidade nutricional e do manejo da floresta (participam 5 associadas e 3 não-associadas).

b) Programa Cooperativo Parcelas Gêmeas: determina as limitações nutricionais, hídricas e de manejo de plantações florestais numa ampla escala espacial e temporal, determinando a diferença entre a produtividade real e potencial em diferentes situações e identificando as causas e estabelecendo critérios para o manejo (participam 6 associadas e uma não-associada).

c) Programa Cooperativo Torre de Fluxo: estuda o fluxo de energia, de água, de nutrientes e de carbono no ecossistema florestal, estimando a eficiência do uso desses recursos no crescimento da floresta de eucalipto validando modelos ecofisiológicos que serão usados como ferramentas de análise da produção e sustentabilidade do ecossistema (participam 9 associadas e uma não-associada).