Do Conselho Deliberativo participam oito empresas com mandatos de quatro anos. Atualmente fazem parte do CD: Votorantim Celulose e Papel S.A. (presidente), International Paper do Brasil (vice-presidente), CAF Santa Bárbara Ltda., Caxuana S/A Reflorestamento, Celulose Nipo-Brasileira S.A., Masisa do Brasil Ltda. e Nobrecel S/A Celulose e Papel. São suplentes as empresas Acesita Energética Ltda. e Ripasa S/A Celulose e papel. As competências desse colegiado são estabelecidas no Art. 24 do Estatuto Social que, no foco de atuação do Instituto, prevê orientar, sugerir e propor estratégias, programas, projetos, linhas de pesquisas e outras atividades, bem como acompanhar o desenvolvimento de seus trabalhos, supervisionado pelo Diretor Executivo. A critério do Conselho, poderão integrá-lo a convite deste, até dois membros representantes da área de ciências florestais do meio acadêmico e de pesquisa e desenvolvimento brasileiros.

No Conselho Fiscal, também com mandato de quatro anos, participam as associadas Eucatex S/A Indústria e Comércio, Lwarcel Celulose e Papel Ltda., Stora Enso Arapoti Empreendimentos Agrícolas Ltda., tendo como suplente a empresa Nobrecel S/A Celulose e Papel. De acordo com o Art. 30 de referido estatuto, a competência deste conselho abrange o exame e fiscalização de todos os assuntos contábeis e patrimoniais do Instituto além de emitir pareceres sobre as contas nos balancetes e balanços.

Finalmente, no Conselho Técnico-Científico (Art.32 do Estatuto) composto por quatro representantes da área de pesquisa em ciências florestais, participa uma única empresa que, no momento, é a Eucatex S/A Indústria e Comércio. Ao CTC compete definir, orientar e supervisionar as linhas e programas de estudos e pesquisas e avaliá-las periodicamente através dos relatórios e publicações.

A condução dos programas cooperativos possibilita o envolvimento técnico e científico das associadas na razão de ser do IPEF quando procura concretizar as ações de integração universidade-empresa e interação empresa-empresa. Tanto essa participação é valorizada que se trata de um importante pré-requisito para associação de dada empresa ao Instituto a existência de uma equipe técnica que possa se envolver com os trabalhos de pesquisa e desenvolvimento. Dependendo
do porte das empresas e respectivas áreas técnicas, as mesmas tem a oportunidade de participar de um ou mais programas. No último levantamento registramos o envolvimento direto de cerca de 150 profissionais das empresas. 

A par disso as associadas colocam à disposição dos programas áreas experimentais, laboratórios e outras infra-estruturas necessárias para a consecução dos trabalhos.

Decorrências desses fatos, os eventos de lançamento de novos programas e avaliação daqueles em curso contam com a necessária e obrigatória participação dos profissionais das empresas nas apresentações de resultados e discussão de novas metas a serem atingidas. Essa metodologia de ação proporciona um salutar sinergismo entre o meio acadêmico e o meio empresarial com reais benefícios para ambas as partes envolvidas. Em última análise quem se beneficia é o setor florestal brasileiro, como um todo, já que os resultados são disponibilizados para a sociedade em geral.